Revision as of 06:32, 2 March 2007

Species (Les Espèces)

Pour les idées les plus récentes et faire des commentaires, regardez svp la page en anglais à localiser sur species-brainstorming.

Note : Le nom original du microformat, "species", va probablement changer, probablement vers "biota" ou "taxon". Le précédent a été maintenu ici, pour éviter de faire trop de changements répétitifs et peut-être des éditions redondantes.

mis à jour! La nouvelle version beta d'Operator détecte Species. Une page test est disponible. Les travaux sur les deux continuent !

Introduction

Que ce soit à l'oral ou à l'écrit, les personnes utilisent au quotidien les noms vernaculaires ET taxonomiques des espèces - lisez simplement ou regardez n'importe quel magazine populaire de jardin ou quelque programme de télévision.

Considérons cette liste: "merle", "caniche", "T Rex", "patate", "Nénuphar", "Glycine", "Ver Solitaire", "HIV", "Rubéole" et "être humain".

"T Rex" est "Tyrannosaurus rex"; "E. Coli" est "Escherichia coli"; "HIV" est "Human immunodeficiency virus" et "Rubéole" est le "virus Rubella". Tous sont des noms taxonomiques (ou scientifiques) d'espèces uniques.

La "Wisteria" est un genre taxonomique.

Le "Merle"; le "caniche"; la "patate"; le "Nénuphar" et l'"être humain" (les disputes à propos de l'homme de Néanderthal n'y résistant pas) sont des noms vernaculaires (ou communs), mais font encore référence à des espèces individuelles.

Le nommage scientifique des organismes fait partie de la biodiversité informatique - "the application of information technology to the domain of biodiversity".

Aussi, pour plus de précisions, voir la Note 4 en anglais sur l'article de recherche de Robert Rothenburg - Avril 1998 à propos des dictionnaires. Il est intéressant que les microformats nous aient donnés les trois premiers items manquants - et que nous soyons maintenant en train de débattre du quatrième !

Proposition

Imaginez voir une page web avec une référence vers une espèce - et pouvoir utiliser un ajout à votre navigateur pour être embarqué directement vers l'information concernant cette espèce, sur, disons, Wikipedia, ou Wikispecies, ou Google Images, ou tout autre site, tels qu'une base de données académique ou tout autre site de votre choix.

Votre logiciel saurait automatiquement chercher sur le site A si le nom scientifique pointait vers un papillon, site B pour un oiseau, et le site C pour une plante - et vous pourriez régler vos préférences sur quels sites seraient choisis et dans quel ordre deux ou plus de sites seraient cherchés (par ex. pour les lépidoptères, essayer d'abord UK Moths, si non trouvé essayer The Global Lepidoptera Names Index).

Ou en supposant que quelqu'un écrit une longue page web, triée chronologiquement sur les oiseaux, insectes, mammifères et plantes qu'il a pu croiser sur un safari, avec beaucoup de description en prose sur les sentiers qu'il a traversés et les gens avec qui il était, mais que vous vouliez extraire une liste d'espèces, triées par ordre alphabétique dans une classe taxonomique (les oiseaux d'abord, puis les insectes, puis...) ou en ordre taxonomique.

Ce sont tout simplement deux des choses que pourrait faire pour vous un microformat.

Votre logiciel, ou un moteur de recherche, pourrait faire la différence entre les pages discutant du logiciel beagle, du bateau et du chien de compagnie ; ou des oiseaux qui volent à l'opposé du film d'Hitchcock.

Un autre avantage serait que les agents utilisateurs pourraient être instruits pour traiter le texte balisé de cette manière comme n'étant pas dans la base de langage du document ou de l'élément dans lequel il apparaît - la prononciation serait comme pour le Latin, elle ne devrait pas être traduite (par ex. là où un mot composé apparaît aussi être un mot valide dans cette langue, comme le genre biologique Colon, Circus cyaneus, Hesperia comma, ou tout ce qui apparaît avec major ou minor sur une page écrite en anglais) et ne devrait pas être vérifiable en orthographe, ou être vérifié par un dictionnaire spécialisé. (identifié comme un besoin dans cette discussion de 2003 à propos des valeurs de langage pour les noms taxonomiques).

Un avantage supplémentaire qu'apporterait le microformat des espèces serait l'enrichissement et l'amélioration des checklists d'espèces, qui sont communément trouvées sur le web. Généralement parlant, une checklist d'espèces est une liste de taxos, usuellement pour un groupe particulier ou des organismes équivalents telles que les oiseaux ou plantes vasculaires, trouvés dans une région géographique particulière (un pays, a region, un département, un site spécifique, qu'il soit petit ou grand). Un exemple typique de checklist d'espèces est la Checklist des Coléoptères des Iles Britanniques qui, comme le nom le laisse entendre, liste les coléoptères connus pour être trouvés dans les Iles Britanniques. Une Recherche Google sur "species checklist" révélera bien plus d'exemples équivalents. Les "Species checklists" sont présentés généralement de façon cohérente mais sont généralement impossibles à parser et à utiliser par les ordinateurs du fait d'un manque de standard commun pour les baliser en HTML. Le microformat des espèces fournirait ce standard commun. Une check-list autorisant complètement le microformat serait parsable par les ordinateurs et de ce fait fournirait aux développeurs un moyen par lequel agréger et autrement faire usage de ce contenu de valeur au dessus de la vision en ligne actuelle mais plutôt limitée.

Un exemple spécifique d'utilisation de checklist pourrait consister à permettre à un logiciel d'enregistrement biologique de parser et agréger les checklists afin de les inclure dans leurs propres dictionnaires d'espèces. Généralement, il existe des attentes de plusieurs mois voire plusieurs années pour que les humains réunissent à la main les modifications de checklists pour une inclusion dans un logiciel d'enregistrement ; le parsage automatique de checklist et l'agrégation faciliterait cela grandement et améliorerait l'efficacité de ce processus.

Taxonomies existantes

The proposal respects all existing biological taxonomies, and is not intended to change or supplant any of them - it is intended merely to provide webmasters (from personal hobby sites to major academic databases; from news outlets to retail organisations) with a method of either:

marking-up a taxonomical name (or taxon-common name pair) in such a way that its components can be recognised by computers or
marking up a common name, so as to associate with it a taxonomical name, in such a way that the latter's components can be recognised by computers.

Embarquement dans d'autres microformats

Les microformats proposés plant (avec régime de soin, fournisseur, etc.), hlisting, recipe ou hReview (et probablement d'autres) pourraient contenir un nom de microformat scientifique, de la même façon qu'un hCalendar peut contenir une hCard.

Voir aussi en anglais : species-brainstorming#Future development

Références

Contributeurs & Supporters

Andy Mabbett (proposition)
Roger Hyam (partie intéressée ?)
Charles Roper, Sussex Biodiversity Record Centre (proponent)
Steve McWilliam, rECOrd - The Biodiversity Information System for the Cheshire region (supporter)
Kieren Pitts, ILRT - Institute for Learning and Research Technology and the Amateur Entomologists' Society (supporter)
Cyndy Parr, Spire project (interested party)
Animal Diversity Web, [1] (interested party)
Christoph Champ, [2] (supporter with a background in biochemistry, biophysics, and bioinformatics)
Christophe Ducamp (supporteur, traduction et prêt à étudier localisation en français)

Voir aussi

Voici quelques chantiers en cours :

species
examples
- examples regrouped
quantitative evidence
- Initial quantitative examples
- further quantitative examples
brainstorming (includes the straw man- or draft standard)
Biobar - Une Extension Firefox personnalisable fournissant une barre d'outils et des options de contenus de menus pour naviguer dans les données biologiques et bases de données, qui montre ce qu'un agent utilisateur pourrait faire, avec des données extraites d'un microformat dédié sur les espèces.

Implémentations (en attente)

Taxon Checker - un outil logiciel qui, compte tenu d'un nom commun, cherche les données taxonomiques appropriées et affiche les détails sélectionnés de l'espèce sous forme (parmi d'autres options) d'un fragment HTML. Il a pour but de fournir des gabarits pour afficher de tels fragments avec un balisage microformat "species", une fois que cette proposition sera implémentée.

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 Votre logiciel saurait automatiquement chercher sur le site A si le nom scientifique pointait vers un papillon, site B pour un oiseau, et le site C pour une plante - et vous pourriez régler vos préférences sur quels sites seraient choisis et dans quel ordre deux ou plus de sites seraient cherchés (par ex. pour les lépidoptères, essayer d'abord [http://ukmoths.org.uk/ UK Moths], si non trouvé essayer [http://www.nhm.ac.uk/research-curation/projects/lepindex/index.html The Global Lepidoptera Names Index]).
-Or supposing someone writes a long, chronologically-ordered web page about all the birds, insects, mammals and plants they saw on a wildlife safari, with lots of prose description about the paces where they saw them and the people they were with, but you want to extract a list of species, sorted into alphabetical order within taxonomic class (birds first, then insects then...) or in taxonomic order.
+Ou en supposant que quelqu'un écrit une longue page web, triée chronologiquement sur les oiseaux, insectes, mammifères et plantes qu'il a pu croiser sur un safari, avec beaucoup de description en prose sur les sentiers qu'il a traversés et les gens avec qui il était, mais que vous vouliez extraire une liste d'espèces, triées par ordre alphabétique dans une classe taxonomique (les oiseaux d'abord, puis les insectes, puis...) ou en ordre taxonomique.
-Those are just two of the things a "species" microformat might do for you.
+Ce sont tout simplement deux des choses que pourrait faire pour vous un microformat.
-Your software, or  a search engine, would be able to differentiate between a pages discussing HMS Beagle, the ship, and a Beagle dog; or birds that fly as opposed to a slang term for women.
+Votre logiciel, ou un moteur de recherche, pourrait faire la [http://fr.wikipedia.org/wiki/Beagle_%28homonymie%29 différence] entre les pages discutant du logiciel beagle, du bateau et du chien de compagnie ; ou des oiseaux qui volent à l'opposé du film d'Hitchcock.
-Another benefit would be that user-agents could be instructed to treat text marked up in this way as not being in the base language of the document or element in which they occur - pronunciation should be as for Latin, they should not be translated (e.g. where a component word happens also to be a valid word in that language, such as the genus '''''Colon''''', '''''Circus''' cyaneus'', ''Hesperia '''comma''''', or anything with ''major'' or ''minor'' on an English-language page) and should not be spell-checked, or be spell-checked with a specialised dictionary. (identified as a need in this [http://www.alvestrand.no/pipermail/ietf-languages/2003-February/000590.html 2003 ietf-languages discussion of language values for taxonomic names]).
+Un autre avantage serait que les agents utilisateurs pourraient être instruits pour traiter le texte balisé de cette manière comme n'étant pas dans la base de langage du document ou de l'élément dans lequel il apparaît - la prononciation serait comme pour le Latin, elle ne devrait pas être traduite (par ex. là où un mot composé apparaît aussi être un mot valide dans cette langue, comme le genre biologique '''''Colon''''', '''''Circus''' cyaneus'', ''Hesperia '''comma''''', ou tout ce qui apparaît avec ''major'' ou ''minor'' sur une page écrite en anglais) et ne devrait pas être vérifiable en orthographe, ou être vérifié par un dictionnaire spécialisé. (identifié comme un besoin dans cette [http://www.alvestrand.no/pipermail/ietf-languages/2003-February/000590.html discussion de 2003 à propos des valeurs de langage pour les noms taxonomiques]).
-A further benefit the species microformat would bring is in the enriching and enhancement of species checklists, which are commonly found on the web. Broadly speaking, a species checklist is a list of taxa, usually for a particular group of similar organisms such as birds or vascular plants, found within a particular geographical region (a country, [http://www.westmidlandbirdclub.com/records/lists.htm a region], a county, or a specific site, large or small). A typical example of a species checklist is the [http://www.coleopterist.org.uk/checklist.htm Checklist of Beetles of the British Isles] which, as the name suggests, lists beetles known to be found within the British Isles. A [http://www.google.com/search?q=species+checklist Google Search for "species checklist"] will reveal many other such examples. Species checklists are presented in a broadly consistent manner but are usually unable to be parsed and utilised by computers due to the lack of a common standard for marking them up in HTML. The species microformat would provide that common standard. A fully microformat enabled checklist would be parsable by computers and thus would provide developers with a means by which to aggregate and otherwise make use of this invaluable content beyond the current, rather limited, use of simple online viewing.
+Un avantage supplémentaire qu'apporterait le microformat des espèces serait l'enrichissement et l'amélioration des checklists d'espèces, qui sont communément trouvées sur le web. Généralement parlant, une checklist d'espèces est une liste de taxos, usuellement pour un groupe particulier ou des organismes équivalents telles que les oiseaux ou plantes vasculaires, trouvés dans une région géographique particulière (un pays, [http://www.westmidlandbirdclub.com/records/lists.htm a region], un département, un site spécifique, qu'il soit petit ou grand). Un exemple typique de checklist d'espèces est la [http://www.coleopterist.org.uk/checklist.htm Checklist des Coléoptères des Iles Britanniques] qui, comme le nom le laisse entendre, liste les coléoptères connus pour être trouvés dans les Iles Britanniques. Une [http://www.google.com/search?q=species+checklist Recherche Google sur  "species checklist"] révélera bien plus d'exemples équivalents. Les "Species checklists" sont présentés généralement de façon cohérente mais sont généralement impossibles à parser et à utiliser par les ordinateurs du fait d'un manque de standard commun pour les baliser en HTML. Le microformat des espèces fournirait ce standard commun. Une check-list autorisant complètement le microformat serait parsable par les ordinateurs et de ce fait fournirait aux développeurs un moyen par lequel agréger et autrement faire usage de ce contenu de valeur au dessus de la vision en ligne actuelle mais plutôt limitée.
-A specific example of checklist use might be in enabling [http://www.aditsite.co.uk/html/choosing_recording_software.html biological recording software] to parse and aggregate checklists in order to include them in their own species dictionaries. Typically there are waits of many months or even years while humans collate checklist changes manually for inclusion in recording software; automated checklist parsing and aggregation would greatly expedite and increase the efficiencies of this process.
+Un exemple spécifique d'utilisation de checklist pourrait consister à permettre à un [http://www.aditsite.co.uk/html/choosing_recording_software.html logiciel d'enregistrement biologique] de parser et agréger les checklists afin de les inclure dans leurs propres dictionnaires d'espèces. Généralement, il existe des attentes de plusieurs mois voire plusieurs années pour que les humains réunissent à la main les modifications de checklists pour une inclusion dans un logiciel d'enregistrement ; le parsage automatique de checklist et l'agrégation faciliterait cela grandement et améliorerait l'efficacité de ce processus.
 ==Taxonomies existantes==

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