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Species (Les Espèces)

Pour les idées les plus récentes et faire des commentaires, regardez svp la page en species-brainstorming.

Note : Le nom original du microformat, "species", va probablement changer, probablement vers "biota" ou "taxon". Le précédent a été maintenu ici, pour éviter de faire trop de changements répétitifs et peut-être des éditions redondantes.

mis à jour! La nouvelle version beta d'Operator détecte Species. Une page test est disponible. Les travaux sur les deux continuent !

Introduction

Que ce soit à l'oral ou à l'écrit, les personnes utilisent au quotidien les noms vernaculaires ET taxonomiques des espèces - lisez simplement ou regardez n'importe quel magazine populaire de jardin ou quelque programme de télévision.

Considérons cette liste: "merle", "caniche", "T Rex", "patate", "Nénuphar", "Glycine", "Ver Solitaire", "HIV", "Rubéole" et "être humain".

"T Rex" est "Tyrannosaurus rex"; "E. Coli" est "Escherichia coli"; "HIV" est "Human immunodeficiency virus" et "Rubéole" est le "virus Rubella". Tous sont des noms taxonomiques (ou scientifiques) d'espèces uniques.

La "Wisteria" est un genre taxonomique.

Le "Merle"; le "caniche"; la "patate"; le "Nénuphar" et l'"être humain" (les disputes à propos de l'homme de Néanderthal n'y résistant pas) sont des noms vernaculaires (ou communs), mais font encore référence à des espèces individuelles.

Le nommage scientifique des organismes fait partie de la biodiversité informatique - "the application of information technology to the domain of biodiversity".

Aussi, pour plus de précisions, voir la Note 4 en anglais sur l'article de recherche de Robert Rothenburg - Avril 1998 à propos des dictionnaires. Il est intéressant que les microformats nous aient donnés les trois premiers items manquants - et que nous soyons maintenant en train de débattre du quatrième !

Proposition

Imaginez voir une page web avec une référence vers une espèce - et pouvoir utiliser un ajout à votre navigateur pour être embarqué directement vers l'information concernant cette espèce, sur, disons, Wikipedia, ou Wikispecies, ou Google Images, ou tout autre site, tels qu'une base de données académique ou tout autre site de votre choix.

Votre logiciel saurait automatiquement chercher sur le site A si le nom scientifique pointait vers un papillon, site B pour un oiseau, et le site C pour une plante - et vous pourriez régler vos préférences sur quels sites seraient choisis et dans quel ordre deux ou plus de sites seraient cherchés (par ex. pour les lépidoptères, essayer d'abord UK Moths, si non trouvé essayer The Global Lepidoptera Names Index).

Ou en supposant que quelqu'un écrit une longue page web, triée chronologiquement sur les oiseaux, insectes, mammifères et plantes qu'il a pu croiser sur un safari, avec beaucoup de description en prose sur les sentiers qu'il a traversés et les gens avec qui il était, mais que vous vouliez extraire une liste d'espèces, triées par ordre alphabétique dans une classe taxonomique (les oiseaux d'abord, puis les insectes, puis...) ou en ordre taxonomique.

Ce sont tout simplement deux des choses que pourrait faire pour vous un microformat.

Votre logiciel, ou un moteur de recherche, pourrait faire la différence entre les pages discutant du logiciel beagle, du bateau et du chien de compagnie ; ou des oiseaux qui volent à l'opposé du film d'Hitchcock.

Un autre avantage serait que les agents utilisateurs pourraient être instruits pour traiter le texte balisé de cette manière comme n'étant pas dans la base de langage du document ou de l'élément dans lequel il apparaît - la prononciation serait comme pour le Latin, elle ne devrait pas être traduite (par ex. là où un mot composé apparaît aussi être un mot valide dans cette langue, comme le genre biologique Colon, Circus cyaneus, Hesperia comma, ou tout ce qui apparaît avec major ou minor sur une page écrite en anglais) et ne devrait pas être vérifiable en orthographe, ou être vérifié par un dictionnaire spécialisé. (identifié comme un besoin dans cette discussion de 2003 à propos des valeurs de langage pour les noms taxonomiques).

Un avantage supplémentaire qu'apporterait le microformat des espèces serait l'enrichissement et l'amélioration des checklists d'espèces, qui sont communément trouvées sur le web. Généralement parlant, une checklist d'espèces est une liste de taxos, usuellement pour un groupe particulier ou des organismes équivalents telles que les oiseaux ou plantes vasculaires, trouvés dans une région géographique particulière (un pays, a region, un département, un site spécifique, qu'il soit petit ou grand). Un exemple typique de checklist d'espèces est la Checklist des Coléoptères des Iles Britanniques qui, comme le nom le laisse entendre, liste les coléoptères connus pour être trouvés dans les Iles Britanniques. Une Recherche Google sur "species checklist" révélera bien plus d'exemples équivalents. Les "Species checklists" sont présentés généralement de façon cohérente mais sont généralement impossibles à parser et à utiliser par les ordinateurs du fait d'un manque de standard commun pour les baliser en HTML. Le microformat des espèces fournirait ce standard commun. Une check-list autorisant complètement le microformat serait parsable par les ordinateurs et de ce fait fournirait aux développeurs un moyen par lequel agréger et autrement faire usage de ce contenu de valeur au dessus de la vision en ligne actuelle mais plutôt limitée.

Un exemple spécifique d'utilisation de checklist pourrait consister à permettre à un logiciel d'enregistrement biologique de parser et agréger les checklists afin de les inclure dans leurs propres dictionnaires d'espèces. Généralement, il existe des attentes de plusieurs mois voire plusieurs années pour que les humains réunissent à la main les modifications de checklists pour une inclusion dans un logiciel d'enregistrement ; le parsage automatique de checklist et l'agrégation faciliterait cela grandement et améliorerait l'efficacité de ce processus.

Taxonomies existantes

La proposition respecte toutes les taxonomies biologiques existantes, et n'est pas destinée à changer ou supplanter quelque taxonomie existante - elle est simplement destinée à fourir aux webmestres (que ce soit pour les sites personnels de hobbies jusqu'aux grosses bases de données académiques ; des magazines jusqu'aux commerces de détail) avec une méthode consistant soit :

1. à baliser un nom taxonomique (ou une paire taxo-nom commun) de telle manière que ses composants puissent être reconnus par les ordinateurs ou
2. à baliser un nom commun, de manière à l'associer à un nom taxonomique, de façon que les composants du dernier puissent être reconnus par les ordinateurs.

Embarquement dans d'autres microformats

Les microformats proposés plant (avec régime de soin, fournisseur, etc.), hlisting, recipe ou hReview (et probablement d'autres) pourraient contenir un nom de microformat scientifique, de la même façon qu'un hCalendar peut contenir une hCard.

Voir aussi en anglais : species-brainstorming#Future development

Références

• Wikipedia: Scientific classification
  • Wikipedia: Binomial nomenclature
  • Wikipedia: Trinomial nomenclature
  • Wikipedia: Taxon
  • Wikipedia: Cultivars
  • Wikipedia: Varieties
  • Wikipedia: Sub-varieties
  • Wikipedia: forms
  • Wikipedia: Synonyms
  • How to read a taxobox
• http://www.iczn.org/ International Commission on Zoological Nomenclature
  • Wikipedia: International Commission on Zoological Nomenclature
• International Code of Botanical Nomenclature
• RHS Plant Finder: The naming of plants
• International Code of Nomenclature for Cultivated Plants
• Taxonomic Databases Working Group
• Hortax - The Names of Garden Plants
• www.bgbm.fu-berlin.de/iapt/nomenclature/code/SaintLouis/0000St.Luistitle.htm
• WikiSpecies
• Wiktionary: Taxonomy
• Biodiversity Informatics: Taxonomic names, metadata, and the Semantic Web

Contributeurs & Supporters

• Andy Mabbett (proposition)
• Roger Hyam (partie intéressée ?)
• Charles Roper, Sussex Biodiversity Record Center (proposition)
• Steve McWilliam, rECOrd - The Biodiversity Information System for the Cheshire region (supporteur)
• Kieren Pitts, ILRT - Institute for Learning and Research Technology and the Amateur Entomologists' Society (supporteur)
• Cyndy Parr, Spire project (partie intéressée)
• Animal Diversity Web, [1] (partie intéressée)
• Christoph Champ, [2] (supporteur avec parcours en biochimie, biophysique et bioinformatique)
• Christophe Ducamp (supporteur amateur, traduction et prêt à étudier localisation en français)

Voir aussi

Voici quelques chantiers en cours :

• species
• exemples
  • exemples regroupés
• quantitative evidence
  • Initial quantitative examples
  • further quantitative examples
• brainstorming (comprend la proposition épouvantail ou le draft standard)
• Biobar - Une Extension Firefox personnalisable fournissant une barre d'outils et des options de contenus de menus pour naviguer dans les données biologiques et bases de données, qui montre ce qu'un agent utilisateur pourrait faire, avec des données extraites d'un microformat dédié sur les espèces.

Implémentations (en attente)

• Taxon Checker - un outil logiciel qui, compte tenu d'un nom commun, cherche les données taxonomiques appropriées et affiche les détails sélectionnés de l'espèce sous forme (parmi d'autres options) d'un fragment HTML. Il a pour but de fournir des gabarits pour afficher de tels fragments avec un balisage microformat "species", une fois que cette proposition sera implémentée.