Revision as of 06:07, 2 March 2007

Species (Les Espèces)

Pour les idées les plus récentes et faire des commentaires, regardez svp la page en anglais à localiser sur species-brainstorming.

Note : Le nom original du microformat, "species", va probablement changer, probablement vers "biota" ou "taxon". Le précédent a été maintenu ici, pour éviter de faire trop de changements répétitifs et peut-être des éditions redondantes.

mis à jour! La nouvelle version beta d'Operator détecte Species. Une page test est disponible. Les travaux sur les deux continuent !

Introduction

Que ce soit à l'oral ou à l'écrit, les personnes utilisent au quotidien les noms vernaculaires ET taxonomiques des espèces - lisez simplement ou regardez n'importe quel magazine populaire de jardin ou quelque programme de télévision.

Considérons cette liste: "merle", "caniche", "T Rex", "patate", "Nénuphar", "Glycine", "Ver Solitaire", "HIV", "Rubéole" et "être humain".

"T Rex" est "Tyrannosaurus rex"; "E. Coli" est "Escherichia coli"; "HIV" est "Human immunodeficiency virus" et "Rubéole" est le "virus Rubella". Tous sont des noms taxonomiques (ou scientifiques) d'espèces uniques.

La "Wisteria" est un genre taxonomique.

Le "Merle"; le "caniche"; la "patate"; le "Nénuphar" et l'"être humain" (les disputes à propos de l'homme de Néanderthal n'y résistant pas) sont des noms vernaculaires (ou communs), mais font encore référence à des espèces individuelles.

Le nommage scientifique des organismes fait partie de la biodiversité informatique - "the application of information technology to the domain of biodiversity".

Aussi, pour plus de précisions, voir la Note 4 en anglais sur l'article de recherche de Robert Rothenburg - Avril 1998 à propos des dictionnaires. Il est intéressant que les microformats nous aient donnés les trois premiers items manquants - et que nous soyons maintenant en train de débattre du quatrième !

Proposition

Imaginez voir une page web avec une référence vers une espèce - et pouvoir utiliser un ajout à votre navigateur pour être embarqué directement vers l'information concernant cette espèce, sur, disons, Wikipedia, ou Wikispecies, ou Google Images, ou tout autre site, tels qu'une base de données académique ou tout autre site de votre choix.

Votre logiciel saurait automatiquement chercher sur le site A si le nom scientifique pointait vers un papillon, site B pour un oiseau, et le site C pour une plante - et vous pourriez régler vos préférences sur quels sites seraient choisis et dans quel ordre deux ou plus de sites seraient cherchés (par ex. pour les lépidoptères, essayer d'abord UK Moths, si non trouvé essayer The Global Lepidoptera Names Index).

Or supposing someone writes a long, chronologically-ordered web page about all the birds, insects, mammals and plants they saw on a wildlife safari, with lots of prose description about the paces where they saw them and the people they were with, but you want to extract a list of species, sorted into alphabetical order within taxonomic class (birds first, then insects then...) or in taxonomic order.

Those are just two of the things a "species" microformat might do for you.

Your software, or a search engine, would be able to differentiate between a pages discussing HMS Beagle, the ship, and a Beagle dog; or birds that fly as opposed to a slang term for women.

Another benefit would be that user-agents could be instructed to treat text marked up in this way as not being in the base language of the document or element in which they occur - pronunciation should be as for Latin, they should not be translated (e.g. where a component word happens also to be a valid word in that language, such as the genus Colon, Circus cyaneus, Hesperia comma, or anything with major or minor on an English-language page) and should not be spell-checked, or be spell-checked with a specialised dictionary. (identified as a need in this 2003 ietf-languages discussion of language values for taxonomic names).

A further benefit the species microformat would bring is in the enriching and enhancement of species checklists, which are commonly found on the web. Broadly speaking, a species checklist is a list of taxa, usually for a particular group of similar organisms such as birds or vascular plants, found within a particular geographical region (a country, a region, a county, or a specific site, large or small). A typical example of a species checklist is the Checklist of Beetles of the British Isles which, as the name suggests, lists beetles known to be found within the British Isles. A Google Search for "species checklist" will reveal many other such examples. Species checklists are presented in a broadly consistent manner but are usually unable to be parsed and utilised by computers due to the lack of a common standard for marking them up in HTML. The species microformat would provide that common standard. A fully microformat enabled checklist would be parsable by computers and thus would provide developers with a means by which to aggregate and otherwise make use of this invaluable content beyond the current, rather limited, use of simple online viewing.

A specific example of checklist use might be in enabling biological recording software to parse and aggregate checklists in order to include them in their own species dictionaries. Typically there are waits of many months or even years while humans collate checklist changes manually for inclusion in recording software; automated checklist parsing and aggregation would greatly expedite and increase the efficiencies of this process.

Taxonomies existantes

The proposal respects all existing biological taxonomies, and is not intended to change or supplant any of them - it is intended merely to provide webmasters (from personal hobby sites to major academic databases; from news outlets to retail organisations) with a method of either:

marking-up a taxonomical name (or taxon-common name pair) in such a way that its components can be recognised by computers or
marking up a common name, so as to associate with it a taxonomical name, in such a way that the latter's components can be recognised by computers.

Embarquement dans d'autres microformats

Les microformats proposés plant (avec régime de soin, fournisseur, etc.), hlisting, recipe ou hReview (et probablement d'autres) pourraient contenir un nom de microformat scientifique, de la même façon qu'un hCalendar peut contenir une hCard.

Voir aussi en anglais : species-brainstorming#Future development

Références

Contributeurs & Supporters

Andy Mabbett (proposition)
Roger Hyam (partie intéressée ?)
Charles Roper, Sussex Biodiversity Record Centre (proponent)
Steve McWilliam, rECOrd - The Biodiversity Information System for the Cheshire region (supporter)
Kieren Pitts, ILRT - Institute for Learning and Research Technology and the Amateur Entomologists' Society (supporter)
Cyndy Parr, Spire project (interested party)
Animal Diversity Web, [1] (interested party)
Christoph Champ, [2] (supporter with a background in biochemistry, biophysics, and bioinformatics)
Christophe Ducamp (supporteur, traduction et prêt à étudier localisation en français)

Voir aussi

Voici quelques chantiers en cours :

species
examples
- examples regrouped
quantitative evidence
- Initial quantitative examples
- further quantitative examples
brainstorming (includes the straw man- or draft standard)
Biobar - Une Extension Firefox personnalisable fournissant une barre d'outils et des options de contenus de menus pour naviguer dans les données biologiques et bases de données, qui montre ce qu'un agent utilisateur pourrait faire, avec des données extraites d'un microformat dédié sur les espèces.

Implémentations (en attente)

Taxon Checker - un outil logiciel qui, compte tenu d'un nom commun, cherche les données taxonomiques appropriées et affiche les détails sélectionnés de l'espèce sous forme (parmi d'autres options) d'un fragment HTML. Il a pour but de fournir des gabarits pour afficher de tels fragments avec un balisage microformat "species", une fois que cette proposition sera implémentée.

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